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某天，ZECT的实习队员加贺美新，遇见了一个自称“行天之道，总司一切”（天の道を往き、総てを司れ!）的奇异女子。此人名为天道总司。KabutoKabuto(8张)异虫再度出没，ZECT队员们被逼入绝境。目击苦战的同伴，加贺美决计要成为骑士而战。但是，从空中飞来的Masked Rider System中心之一“Kabuto Zecter”，却飞到了突然呈现的天道手中。把从童年时就失掉的腰带与Kabuto Zector联组在一同，天道在一霎时被独角仙外型的装甲服包住身体，轻而易举的打倒异虫，假面骑士Kabuto就此降生。。关于他如此桀傲不驯的态度，加贺美感到惊惶而困惑。但是，关于不过是一介平民，而且非组织成员的天道，ZECT断定他没有资历成为Kabuto的配备者，并委托接连降生的新骑士们，抹杀假面骑士Kabuto适能者天道总司。天道总司能否凭本人一团体的力气守护一切？逐步阴暗化的世界真相又是如何？与陨石掉下消灭涉谷的宇宙生物异虫，根本形状为绿色的「幼虫」，一致的外貌有一双手掩盖面孔，遇见过的人类便能模仿对方相貌、记忆、行为及声响，在人类社会杀害及停止侵略活动，ZECT军事武器也未能使异虫损伤太多。假如从「幼虫」退化脱皮为成「成虫」，外貌就会不同，活动及毁坏才能也大大提升，并可停止逾越人类感知才能的减速运动性，此景象被称为「超速化」（补充甲斗是操控粒子控制工夫流构成减速，也即是里面看起来速度很快但对他本人而已速度是不变的乃木的特殊CU的定义是比HCU更快，近似于工夫中止（光速）的技艺，就是说HCU快不过光速）。
